Vào TK thứ 13 ở Việt Nam, vua Trần Nhân Tông, một bậc minh quân tài đức vẹn toàn, uyên thâm Phật pháp, đã tu hành đạt đạo, hiệu là Hương Vân Đại Đầu Đà. Ngài là sáng Tổ của Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử với Tông chỉ “phản quan tự kỷ bổn phận sự bất tùng tha đắc” và một bản sắc riêng của dòng thiền Trúc Lâm nước Việt là: Thiền-Giáo song hành. Phật giáo đời Trần đã trở thành quốc giáo vì một tinh thần Trúc Lâm phóng khoáng, tự tại viên dung, luôn khế hợp với lòng người và đồng hành cùng dân tộc trong suốt chiều dài lịch sử của nước nhà,... Đến thập niên 70 của TK 20, HT Thiền sư Thích Thanh Từ bấy giờ dốc lòng dụng tâm tu tập, sáng lại nguồn tâm, đã dày công gầy dựng lại Tông phong Trúc Lâm và nối truyền mạng mạch Yên Tử cho đến ngày nay.
Như vậy, sơ Tổ của Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử là một ông vua Phật, đức Phật Hoàng Trần Nhân Tông. Ngài đã truyền Tổ vị cho Thiền sư Pháp Loa, và kế thừa Pháp vị là tam Tổ Huyền Quang. Thiền sư Pháp Loa sinh năm 1284 tại Lưỡng Giang (Hải Dương), thế danh là Đồng Kiên Cương, xuất gia với Hương Vân Đại Đầu Đà, pháp danh là Thiện Lai. Đến khi Ngài tu hành đắc lực, sáng được bản tâm, sơ Tổ Trúc Lâm bèn ban cho đạo hiệu là Pháp Loa - ấy nghĩa là hàng phục ma chướng, vân tập đại chúng,…và hữu duyên rộng truyền chánh pháp.
Đến năm 1330, Tổ sư Pháp Loa đã an nhiên thị tịch. Tuy trụ thế 47 năm, nhưng Tổ đã để lại cho nền Phật giáo nước nhà cả một sự nghiệp vô cùng lớn lao: Phụng chiếu khắc bản gỗ ấn bản Đại Tạng kinh đầu tiên ở Việt Nam vào thời Trần (1319), tái bản năm 1329. Khắc bản gỗ ấn bản “Tứ phần luật” năm 1322. (Nguyễn Lang, VNPGSL…) Lần đầu tiên ở Việt Nam, văn phòng Trung Ương Giáo hội Phật giáo (chùa Vĩnh Nghiêm ở Lưỡng Giang) đã lưu trữ hồ sơ quản lý tự viện, định chức và cấp sổ bộ cho Tăng ni. (Nguyễn Lang, VNPGSL…) Cùng các công trình văn hóa, kiến trúc, v.v… Ngài đã để lại nhiều tác phẩm Thiền học có tầm vóc như: Tham Thiền Yếu Chỉ, Tuệ Trung Thượng Sĩ Ngữ Lục, v.v… và những hành trạng Tổ sư còn được lưu truyền. SA-DI VÀ SA-DI NI 3 Tất cả những thành quả trên đã đưa Phật giáo thời Trần đến một đỉnh cao mới.
Trên con đường Bồ-tát đạo, Ngài đã phát nguyện: “…chư Phật và Bồ-tát có những công hạnh nào, con nguyện thiết tha cầu học và làm theo. Dù chúng sanh có khen chê, khinh trọng, dù bố thí hay xâm đoạt, khi mắt thấy tai nghe cũng đều xin cứu độ, khiến cho tất cả đều tiến lên nấc thang giác ngộ, v.v…” (Tam Tổ Thực Lục) Phương pháp nhiếp tâm (Tịnh giới) của Tổ sư Pháp Loa là: ... trong hai mươi bốn giờ, ngoài dứt các duyên, trong tâm không dấy động. Tâm không dấy động nên cảnh đến vẫn an nhàn. Mắt không vì cảnh khởi phân biệt, thức không vì pháp trần mà dính mắc. Ra vào không giao thiệp gọi là ngăn dừng. Tuy gọi ngăn dừng mà chẳng phải ngăn dừng. Nên biết tai, mũi, lưỡi, thân, ý cũng lại như thế. Đây gọi là giới Đại thừa, gọi là giới Vô thượng, cũng gọi là giới Vô đẳng đẳng. Tịnh giới này dù Tiểu tăng cho đến Đại tăng đều nên phải gìn giữ. (Tam Tổ Thực Lục - HT. Thiền sư Thích Thanh Từ dịch)
Trước lúc viên tịch, Tổ viết kệ: Muôn duyên cắt đứt một thân nhàn, Hơn bốn mươi năm giấc mộng tràng, Nhắn bảo mọi người thôi chớ hỏi, Bên kia trăng gió rộng thênh thang.
(Thanh Từ Toàn Tập, tập 27)